Prambanan tetap dalam reruntuhan selama bertahun-tahun, dan kehancurannya dipercepat oleh pemburu harta karun dan penduduk setempat yang mencari bahan bangunan.

Sementara upaya dilakukan pada tahun 1885 untuk membersihkan lokasi, baru pada tahun 1937 rekonstruksi pertama kali dicoba.

Sebagian besar candi sekarang telah dipulihkan hingga batas tertentu, dan, seperti Borobudur, Prambanan terdaftar sebagai Situs Warisan Dunia UNESCO pada tahun 1991.

Prambanan mengalami kerusakan parah akibat gempa 2006. Meskipun candi utama selamat, ratusan balok batu runtuh atau retak (479 blok di kuil Siwa saja).

Saat ini struktur utama telah dipulihkan, tetapi masih banyak pekerjaan yang harus dilakukan dan sebagian kompleks masih terlarang.

Di halaman utama, Candi Shiva Mahadeva, didedikasikan untuk Siwa, tidak hanya yang terbesar dari candi tetapi juga yang terbaik.